Um 1130 saßen in Ainertshofen bereits Edelfreie. Vermutlich ist der Ortsname auf einen Herrn "Dietrich de Ainharteshoven" zurückzuführen. 1809 wird der Weiler dem Steuerdistrikt Sainbach zugeschlagen. 1818 war Ainertshofen ein Ortsteil der Gemeinde Sainbach, welcher dann 1978 nach Inchenhofen eingemeindet wurde.
Der Ortsteil ist geprägt durch seine 4 landwirtschaftlichen Gutshöfe und zählt heute 18 Einwohner mit Erstwohnsitz (Stand: 31.12.2021).